Ses études terminées, Alphonse Desjardins s'engage principalement dans le journalisme.  Il travaille d'abord à "l'Écho de Lévis" de 1872 à 1876 puis au "Canadien" de Québec de 1876 à 1879.  À cette époque, il s'intéresse déjà à la situation de l'agriculture.  À titre de rédacteur du "Canadien", il suit de près les activités du monde agricole en général et plus particulièrement celles de la Société d'agriculture de son comté de Lévis.

De 1879 à 1890, il occupe les fonctions d'éditeur des débats parlementaires de l'Assemblée législative de Québec où il suit de près l'activité parlementaire et les grands débats.  En 1891, il lance à Lévis un nouveau quotidien "L'Union canadienne".  Mais M. Desjardins doit interrompre définitivement la publication après seulement trois mois pour raisons de santé.  Le contenu de ce journal laisse présager certaines de ses préoccupations; il y traite notamment de la situation de l'agriculture du Québec et à l'étranger, de l'émigration des Canadiens-français vers les États-Unis de même que des difficultés économiques de sa région.  Pour Alphonse Desjardins, nul doute que le seul remède possible au Québec en 1891, c'est  l'agriculture.

En 1892, il est nommé sténographe parlementaire des débats en français à la Chambre des Communes.  C'est là qu'il assiste, en 1897, à un débat qui lui fait prendre conscience des ravages de l'usure.  Abasourdi, il se met en quête d'une solution.  De 1898 à 1900, il consulte plusieurs spécialistes européens de la coopération et élabore son propre modèle de caisse populaire, qu'il prend soin d'adapter à la situation particulière du Québec.

À la suite de longues et fructueuses recherches, Alphonse Desjardins conclut que la solution de la question sociale est l'association coopérative.  Si les cultivateurs et les travailleurs veulent abandonner l'individualisme et rompre l'isolement qui les condamne à la faiblesse économique, ils doivent recourir à la force de l'association coopérative pour féconder leur labeur et protéger leurs intérêts.  Comme la caisse populaire est la base même du mouvement coopératif, elle constitue la première étape de l'organisation économique des communautés locales.  La première caisse populaire est fondée à Lévis, le 6 décembre 1900.  C'est ainsi qu'Alphonse Desjardins, fondateur des caisses populaires, a contribué, de son vivant puis par l'intermédiaire du mouvement qui porte son nom, à tisser des liens toujours plus étroits entre les caisses populaires et l'agriculture et ce, au fil du siècle.

De nos jours, les caisses populaires octroient près de 60% du crédit agricole consenti au Québec par les institutions financières.  Dans un peu plus de 600 municipalités au Québec, la caisse populaire est la seule institution financière présente.  Enfin, conformément à la mission sociale des caisses populaires édictée par Alphonse Desjardins, celles-ci apportent d'innombrables façons leur appui professionnel et financier au développement de tout le secteur agro-alimentaire québécois.